Adgangen til friluftsaktiviteterne er godt udbygget flere steder langs kysten og omkring Mols Bjerge, Kalø Slotsruin og Jernhatten. Nationalparken tilbyder meget varierede naturoplevelser inden for de forskellige naturtyper, og der er i disse områder flere stier og veje i form af vandrestier, cykelruter, naturstier og områder til orienteringsløb.

Margueritruten går gennem Nationalparken, og der er udlagte stiruter bl.a. inden for de landskabsfredede arealer i Mols Bjerge og omkring Kalø Slotsruin. Omfanget af rekreative opholdssteder i Nationalparken er koncentreret omkring Mols Bjerge.

Der findes i parken mange p-pladser med og uden faciliteter, samt mange lejrpladser og primitive overnatningssteder. Herudover er der flere aktivitetssteder, fugletårne og udsigtspunkter.