Nationalparkens storslåede landskab er præget af menneskets virke gennem årtusinder. Parken indeholder mange spor af bosætning fra den tidligste stenalders bopladser langs kysten over skiftende historiske kvæg- og agerbrugsperioder frem til i dag.

Herregårdsmiljøer, kirker, møller og landsbyerne samt Ebeltoft gamle midtby er eksempler på nogle af de velbevarede kulturmiljøer i Nationalparken. Kystkulturen – menneskets tilknytning til og brug af havet har frem til moderne tid haft en ganske særlig betydning i området.

Ebeltoft er en mere end 700 år gammel søkøbstad, som i sejlskibenes storhedstid havde ry som en betydelig havneby, hvorfra korn og træ fra statens skove i Kalø Len blev udskibet.

Den maritime kulturarv har sat tydelige aftryk helt tilbage fra vikingetiden og omfatter velbevarede små fiskermiljøer med garnpladser, fiskerhuse og meget velbevarede anløbsbroer med deres pakhuse og sporanlæg.

Fritidskulturens historiske præg er mangfoldige og af høj kvalitet i Nationalpark Mols Bjerge. Bl.a. som følge af områdets nærhed til Århus ses spor fra fritidskulturens opblomstring omkring forrige århundredeskifte med nogle af de tidligste badehoteller, feriekolonier, jagtresidenser, samt ikke mindst gamle sommerhusområder